In het kustgebergte en tot Jeruzalem en Galilea, groeit op krijtgrond naaldbos van Aleppo-den. Op zandgronden in deze streken groeien eikenbossen die tot in Galilea gemengd zijn met Styrax officinalis en Pistacia atlantica. De Pistacia atlantica behoort tot de oudste bomen die men in de Negev of in Galilea vinden kan. Van zijn alles overheersende verschijning wordt in verschillende bijbelse verhalen verteld.
Landinwaarts is in het gebergte vooral struikgewas te vinden dat men in kalkrijke gebieden ‘garrigue’ noemt, en op meer zure grond ‘maquis’. Dit milieu kent een groot aantal plantengemeenschappen, waarvan sommige nergens anders in het Middellandse-Zeegebied voorkomen. Enkele bijzondere soorten zijn vlinderorchis, Calycotome villosa, Italiaanse gladiool, Cistus salviaefolius, Aziatische ranonkel, wilde tarwe, Galilea-orchis en Helichrysum sanguineum. Overal treft men in het mediterrane gebied, aangeplant en verwilderd, de oorspronkelijk uit Zuid-Amerika afkomstige Barbarijse vijg aan (ook wel vijgcactus genoemd, in Israël 'sabra' geheten).
Naar het oosten gaat de vegetatie over in die van het steppegebied, en hier groeit het steppedoornstruweel van onder andere de Zizyphus lotus, Zizyphus spina-Christi of jujubeboom en Acacia arabica, allemaal zeer taaie planten die maar weinig water nodig hebben.
De oever van de Jordaan is vrijwel zonder vegetatie. De woestijn van Judea is in de zomer kaal en dor, in de winter groen, en in het voorjaar bij voldoende neerslag één grote wilde bloementuin, met onder andere rode anemonen, gele mosterdplanten, roze cyclamen, blauwe orchideeën en bruine en paarse irissen. De ca. 160 natuurreservaten in Israël beslaan in totaal 400.000 ha en herbergen meer dan 3000 plantensoorten, waarvan er ca. 150 alleen in Israël voorkomen.
Dieren
In de loop der tijd is de soortenrijkdom in Israël sterk verminderd, onder andere door het op grote schaal kappen van bossen met als gevolg erosie. Pas de laatste tijd worden er veel bossen weer aangeplant. Op dit moment telt Israël ongeveer tachtig reptielsoorten en tweehonderd zoogdiersoorten.
De panter komt nog in zeer kleine aantallen voor, evenals de Syrische bruine beer. Van de andere recente soorten zijn te noemen de gestreepte hyena (foto), de gewone jakhals, de gewone ichneumon of faraorat, de egel, de klipdas en een blinde muis (Spalax microphthalmus).
Tot de ca. 400 soorten tellende vogelwereld behoren onder meer de raaf, de kerkuil, de vale gier, de witte kwikstaart, een mus (Passer biblicus), patrijzen en kwartels, de kokmeeuw en de gewone pelikaan.
Onder de ongewervelde dieren zijn vooral de insecten en woestijnslakken opvallend. In de Negev-woestijn is het Hai-Barreservaat voor de bijbelse fauna ingericht, onder meer door import van onagers, Arabische oryxen en struisvogels. In dit reservaat leven verder nog Somalische ezels, caracals, jakhalzen en wolven.
Bijzondere biotopen
De Arava-vallei (foto) maakt deel uit van de grote Syrisch-Afrikaanse slenk, die van Oost-Afrika tot het zuiden van Turkije loopt. De temperatuur kan in dit gebied oplopen tot boven de 40°C en de gedeeltelijk van oorsprong Afrikaanse fauna, voelt zich in deze omstandigheden dan ook goed thuis.
De Arabische gazelle dreigt uit te sterven op het Arabische schiereiland; ten zuiden van Yotvata ligt een reservaat waar dit dier beschermd wordt. Verder leven hier de gestreepte hyena, de wilde kat, de zandrat, de springmuis en de gerbil. De groene bijeneter is een vogel die alleen in deze vallei voorkomt; andere bijzondere vogels zijn de rosse woestijnleeuwerik, de woestijnvink, de Palestijnse honingvogel en de gewone woestijnleeuwerik.
In het noordwesten van de Negev maakt de woestijn plaats voor halfwoestijn, waar nog diersoorten voorkomen die zeldzaam zijn geworden in Israël. Meest opvallende dier is de wolf, die verder nog voorkomt in de woestijn van Judea en de Arava-vallei. Doordat het dier beschermd wordt, komt de Dorcas-gazelle nog veel voor in Israël, evenals de bruine haas en de vos. De volgende vogelsoorten bevolken de Negev: bonte kraai, griel, gevlekt zandhoen, de beschermde kraagtrap en de kuifleeuwerik.
De wadi’s hebben een droog en woestijnachtig milieu en vormen een leefgebied voor veel woestijndieren. Na stortbuien blijft er in holtes en poelen water staan, met als gevolg en gevarieerde flora en fauna. In de hoogste delen van rotsachtige bergen leeft de Nubische steenbok, op een lager niveau is de klipdas te zien, die verwant is aan de olifant! Wat vogels betreft vallen op: woestijntapuit, waaierstaartraaf, Sinaï-roodmus en Tristram-spreeuw.
Door de geografische ligging van Israël, waar drie continenten samenkomen, strijken er twee keer per jaar ongelooflijke aantallen trekvogels neer. Dankzij de opstijgende luchtstromen kunnen deze vogels in snel tempo duizenden kilometers overbruggen. Onder de vele vogelsoorten zijn ook veel roofvogels, zoals steppenarend, zwarte wouw, Balkansperwer, steppenbuizerd, wespendief en schreeuwarend. Ook de ooievaar en de zwarte ooievaar trekken tweemaal per jaar over het Heilig Land.
De Rode Zee is beroemd om haar kleurige vissen, koralen en ongewervelde dieren, die deel uitmaken van de Indisch-Pacifische fauna. In de directe nabijheid van koraalriffen vindt men de grootste diversiteit aan vissen, die daar voedsel en beschutting vinden. Het zogenaamde franjerif bezit de grootste soortenrijkdom. Bij het hoger gelegen plaatrif en het lager gelegen diep rif is dat wat minder.
De volgende opsomming is slechts een kleine greep uit de vele soorten: vierooggoochelaar, blauwe papegaaivis, gemaskerde kogelvis, lipvis, grijze murene, goudstaartgoochelaar, chirurgvis, blauwe doktersvis, anemoonvisje, rotsvis, koffervis en tandbaars.
Bijzondere levensvormen zijn: zachtkoraal, rode spons, zee-egel, zeeanemoon, kokerspons, naaktslak, zandkokerworm, brandkoraal en kappersgarnaal.
De mediterrane zone is al in de steentijd door de mens ontbost, maar er komen nog voldoende bijzondere dieren voor, zoals de Moorse landschildpad en de mangoest. Veel voorkomende vogels zijn de kleine torenvalk, roodstuitzwaluw, grauwe buulbuul, distelvink, kleine zwartkop en palmtortel.