Bij de aanleg van de Beekbergse Poort geen massale teruggave aan de natuur, zoals bij de campings op de Veluwe. Het zijn de kleinschalige landschapselementen als houtwallen en bloemrijke weides, die voldoende moeten zijn. In de gemeente Apeldoorn vormen Beekbergen en Loenen het beginpunt van de Beekbergse Poort, die de natuur van de Veluwe over het grondgebied van de gemeenten Voorst en Brummen zal verbinden met de IJssel. Hoewel het Rijk, provincie en andere partners het hebben over een robuuste verbinding, is de strook grotendeels opgebouwd uit kleine landschapselementen.
In Beekbergen en Loenen zijn de Beekbergse of Oude Beek, de Loenense Beek en de Zilvense Broekbeek drager van de Beekbergse Poort. Waar mogelijk en nodig zal er grond langs de beken worden aangekocht om de natuur langs de beken te verstevigen. Een belangrijke rol spelen de beheersovereenkomsten die de partners van de Beekbergse Poort sluiten met boeren die grond hebben langs de beken. Intensieve landbouw moet er wijken voor meer duurzame landbouw, met onder meer het beheer van natuur.
In het gebied worden vooral houtwallen en bloemrijke grasweides aangelegd, die door boeren kunnen worden onderhouden of gebruikt. Maar ook de aanleg en het beheer van bos behoort tot de mogelijkheden, zodat er met de natuurboer een nieuwe beroepsgroep ontstaat. Daarnaast komen er maatregelen om regenwater langer vast te houden in het gebied. Dat kan onder meer door het aanleggen van moerassige gebieden langs de beken.
In Loenen speelt het landgoed Ter Horst een belangrijke rol bij de verbinding van de Veluwe met de IJsselvallei. Daarvoor moet nog wel een nieuwe ecologische verbinding worden gemaakt tussen de Loenense Beek en de Zilvense Broekbeek aan de oostzijde van het kanaal. Gemeente en waterschap gaan die nieuwe verbinding combineren met de opvang van water die nodig is voor de aanstaande uitbreiding van bedrijventerrein Kieveen, dat ter hoogte van Loenen aan het Apeldoorns Kanaal ligt. Het gaat daarbij om een vistrap van 150 meter tussen de Loenense Beek en Zilvense Broekbeek en een nieuwe waterloop van 325 meter met waterberging. Verder komen er nieuwe houtwallen en kleine landschapselementen zoals bosjes.
Van belang is ook een betere verbinding tussen het aanpalende natuurproject Beekbergerwoud en de Veluwe langs de Oosterhuizerspreng en de A50. Dat zou kunnen door het voormalige militaire oefenterrein De Scherpenberg terug te geven aan de natuur en het aanleggen van ecopassages, onder meer langs de brug van de A50 over het kanaal. Ook krijgt de Vrijenbergerspreng ter hoogte van de Alba-plas meer ruimte.