Het voortbestaan van de eikelmuis in Nederland is ernstig bedreigd. De Nederlandse populatie is de laatste vijftien jaar zeer sterk achteruitgegaan. Oorzaken van deze achteruitgang zijn niet bekend. Mogelijk hangt het samen met de zachtere winters. Zoogdiervereniging VZZ werkt aan een grondig onderzoek van de verspreiding van het slaapmuisje.
De eikelmuis is vorig jaar in de Rode Lijst als ernstig bedreigd opgenomen. Bij recente verspreidingsonderzoeken werd de Eliomys quercinus alleen nog in het Zuid-Limburgse Savelsbos en de directe omgeving ervan waargenomen. De populatiegrootte wordt geschat op 40-80 individuen. De eikelmuis is nu in 6 kilometerhokken waargenomen, waarvan er 4 nieuw zijn sinds 2005. In de periode 1946-1999 werd de eikelmuis nog in 46 koilometerhokken geteld.
De achteruitgang wordt toegeschreven aan het steeds monotoner wordende cultuurlandschap, maar ook aan de warmer wordende winters. Door de warmere winters worden de dieren tijdens hun zeven maanden durende winterslaap vaker wakker. Ze gebruiken dan veel vet waardoor ze mogelijk het voorjaar niet halen.
Eikelmuizen leven vooral aan randen van loofbossen in glooiend gebied, het liefst begroeid met eiken, maar ze komen ook voor in naaldbossen, boomgaarden, tuinen en huizen. Het leefgebied van de eikelmuis beslaat een groot deel van West- en Midden-Europa. Ook in Europa is het aantal eikelmuizen sterk achteruit gegaan.
Het onderzoek naar de verspreiding van de eikelmuis wordt door de Zoogdiervereniging VZZ uitgevoerd samen met Alterra en Studio Wolverine en in nauwe samenwerking met de Zoogdierenwerkgroep van Natuurpunt en het Natuurhistorisch Genootschap in Limburg. De gegevens die het onderzoek oplevert gaan gebruikt worden om concrete maatregelen voor inrichting en beheer te formuleren voor de bescherming van de eikelmuis.