Het grootste deel van de Nederlandse Waddenzee is beschermd natuurmonument. Het eiland Schiermonnikoog en de Duinen van Texel zijn Nederlandse Nationale parken. Ook het Duitse deel van de Waddenzee is natuurreservaat, verdeeld in drie zones waarin verschillende beschermingsregimes gelden. Net als de Great Barrier Reef in Australië en de Serengeti in Oost-Afrika is de Waddenzee nu ook door de UNESCO erkend Werelderfgoed.
Het waddengebied zag er natuurlijk niet altijd zo uit als nu. Ongeveer 10.000 jaar geleden begon het landijs van de laatste ijstijd te smelten. Hierdoor begon de zeespiegel te stijgen. Als de zeespiegel niet steeg vormde de branding langs de kust zandbanken, de strandwallen. Hierop ontstonden door de wind lage duinen. Achter deze strandwallen ontstond er een veengebied, nadat het een tijdlang rijk begroeid was geweest. Toen de zeespiegel opnieuw steeg, sloegen golven grote delen van het veen weg. De zee heeft zo het waddengebied gevormd. In Nederland werden het Marsdiep en de Zuiderzee in de Middeleeuwen gevormd. Halverwege de Middeleeuwen begonnen de mensen met dijkenbouw, waardoor de landwaartse verschuiving van de Waddenzee tot stilstand kwam
De Waddenzee is een van de grootste wetland ecosystemen ter wereld. Het gebied bestaat uit eilanden, geulen en platen, die voortdurend van vorm en soms ook van plaats veranderen. Dit zorgt voor een grote variatie in landschap. Het Waddenzeegebied ligt tussen Den Helder en het Deense Esbjerg, is 500 kilometer lang en gemiddeld 20 kilometer breed. De oppervlakte bedraagt ongeveer 10.000 km². In totaal zijn er 43 Waddeneilanden met namen als de Razende Bol tot Langli.
Met vloed komt het water binnen door de grote geulen, en daarna over de platen. Met eb loopt het water door prielen weer af naar de grote geulen. Op plaatsen waar veel stroming of golfslag is, bij de zeegaten, is het wad zandig. Slib bezinkt op plaatsen waar het in de hoogwaterperiode rustig is. De vloedberg loopt langs de zeegaten van de Waddenzee van zuidwest naar noordoost. Daardoor is de vloed eerder aangekomen aan de westkant van een eiland en dan aan de oostkant, en daardoor komen de vloedbergen van het westelijke en oostelijke zeegat elkaar tegen aan de oostkant van het eiland. Die plek heet het wantij.
In de Waddenzee leven veel bodemdieren, zoals kokkels en mossels. De Waddenzee is bovendien het belangrijkste watervogelgebied van Europa. Meeuwen, sterns, steltlopers, lepelaars en ganzen vinden er hun voedsel als ze doortrekken, overwinteren of broeden op de Waddeneilanden. Droogvallende wadplaten herbergen een rijk bodemleven, dat voor deze vogels een belangrijke voedselbron is. Veel Noordzee vis is geboren in de Waddenzee en zeehonden gebruiken de droge platen in de Waddenzee om te rusten en om jongen te werpen en zogen. Door deze rol als kraamkamer en pleisterplaats heeft de Waddenzee niet alleen lokaal een grote ecologische waarde.