Op 26 januari is Water Natuurlijk officieel gestart met de campagne voor de waterschapsverkiezingen die tussen 13 en 25 november in het hele land plaats vinden. De organisatie wil in de waterschappen meer bestuurders die zich inzetten voor een natuurlijk waterbeheer in Nederland. Kinderboekenschrijver en oud D66-politicus Jan Terlouw zet zich de komende maanden in voor Water Natuurlijk.
Water Natuurlijk wil zich profileren als een onafhankelijke organisatie die mee gaat doen met de waterschapsverkieizngen in november 2008. Op landelijk niveau wordt de organisatie aangestuurd door een stichtingsbestuur. Op regionaal niveau wordt op het moment gewerkt aan de verdere organisaties in de vorm van kiescommissies en regionale besturen. Voordat Water Natuurlijk zelfstandig verder kan wordt de organisatie in de regio's getrokken door de Provinciale Milieu Federaties.
De waterschapsverkiezingen zijn in het verleden altijd gekoppeld geweest aan een personenstelsel. Dit jaar kunnen mensen stemmen op een lijst, net zoals dat gebruikelijk is bij politieke verkiezingen. Water Natuurlijk is de eerste organisatie die actief campagne voert. Stemgerechtigden kunnen tijdens de verkiezingen in november per post of wellicht via internet stemmen wie er in het waterschapsbestuur plaats gaan nemen voor de komende vier jaar.