De wettelijk via de Habitatrichtlijn beschermde rivierdonderpad komt in Nederland vermoedelijk helemaal niet voor. Taxonomisch en genetisch onderzoek heeft aangetoond dat in Europa meerdere soorten donderpadden voorkomen, die voorheen tot dezelfde soort –Cottus gobio - werden gerekend. Recent onderzoek heeft inzicht gegeven in het voorkomen van de twee 'nieuwe' soorten in Nederland. Dat schrijven de onderzoekers in De Levende Natuur.
Uit het onderzoek is gebleken dat niet de Cottus gobio in Nederland voorkomt, maar de Cottus perifretum én de Cottus rhenanus. De Cottus perifretum komt voor in rivieren met een relatief lage stroomsnelheid, zoals de Rijn en de Maas, en stilstaande binnenwater zoals het IJsselmeer. De Cottus rhenanus geeft de voorkeur aan snelstromende beken, zoals de Geul in Zuid-Limburg. De onderzoekers stellen dan ook voor deze laatste nieuw onderscheiden soort de naam Beekdonderpad te geven.
Voorlopig blijven de nieuw geïdentificeerde soorten beschermd via de Habitatrichtlijn, omdat ze officieel nog onder de Cottus gobio vallen. De nieuwe inzichten zullen wel worden meegenomen bij een toekomstige herziening van de Habitatrichtlijnsoorten. De kans dat de in Nederland aanwezige soorten dan van de lijst verdwijnen, is echter klein. Nu er meerdere soorten blijken te zijn, is het verspreidingsgebied van de rivierdonderpad namelijk veel kleiner dan gedacht. Bovendien blijkt vooral de Cottus rhenanus vrij zeldzaam te zijn in Nederland.