Inpoldering
Later door inklinking en veenwinning zakte het gebied van het Naardermeer en ontstond de noodzaak voor inpoldering. Voor het eerst in 1629, maar toen is dat niet afgemaakt vanwege de Spanjaarden die oprukten richting Amsterdam. Tussen 1883 en 1886 werd een tweede poging gedaan. Maar door het sterke kwelwater viel het Naardermeer niet droog te houden en is de polder weer volgelopen. Dat gaf weer ruimte voor het ontstaan van nieuwe veengroei.
Pleistoceen
Onder het Naardermeer ligt Pleistoceen zand dat van west naar oost steeds meer aan het oppervlak komt. Aan de westkant ligt hier een veenpakket op van wel 7 meter. In het midden van het gebied ligt er een dikke laag kalkhoudende klei op het veen. Deze duidt op een aanvoer van zeeklei uit de voormalige Zuiderzee. Hierin zijn diatomeeën gevonden, eencellige algen.
In onderstaande filmpje is te zien hoe de grondboring in z'n werk gaat.