In het Waterloopbos zitten franjestaarten. Dat is gebleken bij tellingen van overwinterende vleermuizen door vrijwilligers van Landschapsbeheer Flevoland en de Zoogdierenvereniging VZZ. Het is voor het eerst dat deze vleermuissoort in Flevoland is aangetroffen. Behalve franjestaarten overwinteren in het Waterloopbos ook grootoorvleermuizen.
Jaarlijks worden in ons land duizend mogelijke winterverblijfplaatsen gecontroleerd op de aanwezigheid van vleermuizen. In Flevoland liggen tien verblijfplaatsen, waaronder een voormalige zoutwaterreservoir in het Waterloopbos bij Kraggenburg. In 2005 is die reservoir door Natuurmonumenten, beheerder van het Waterloopbos, en Landschapsbeheer Flevoland omgebouwd tot winterverblijf voor vleermuizen. Het is nu een ondergrondse ruimte met een constante temperatuur van ongeveer zeven graden Celsius en met een hoge luchtvochtigheid.
In deze ruimte zijn deze winter zes franjestaarten gevonden. De soort was nog niet eerder waargenomen in Flevoland. De franjestaart dankt zijn naam aan de kleine haartjes (franjes) aan zijn staarthuid. In de zomer leeft hij graag in holle bomen. Jagen doet hij bij voorkeur in een waterrijke omgeving.
Het Waterloopbos is een uitstekend leefgebied voor franjestaarten. Het bos fungeerde lange tijd als proeftuin van het Waterloopkundig Laboratorium. Het lab bouwde proefopstellingen voor waterbouwkundige projecten, van de Deltawerken tot havens in het Verre Oosten. Als het onderzoek klaar was, bleef het bouwwerk in het bos achter.
Het bos is in 2003 overgedragen aan Natuurmonumenten. Met steun van de Nationale Postcode Loterij heeft de vereniging het bos toegankelijk gemaakt voor wandelaars en fietsers. De ingang van het Waterloopbos ligt aan de Voorsterweg, een zijweg van de Repelweg (N352) bij Kraggenburg in de Noordoostpolder.