Hoewel de Galapagos in de tropen ligt, komen er ook pinguïns voor. Je ziet ze vooral rond het eiland Isabela. De Galapagos pinguïn is de enige pinguïnsoort die in de tropen leeft. Een mogelijke theorie dat de pinguïn hier leeft, is dat ze op een dag de koude Humboldt stroom gevolgd zijn en zo in de Galapagos wateren terecht kwamen. Aangezien de wateren rond de Galapagos het hele jaar rond vol voedsel zitten, was er geen reden meer om te vertrekken. Wel hebben ze zich aangepast aan de omstandigheden, want de Galapagos pinguin heeft de minste veren van alle pinguïns, waarschijnlijk om de warmte sneller af te voeren. Ze kunnen een watertemperatuur tot 28C verdragen. Verder leggen ze hun eieren niet in de zon, zoals andere pinguïnsoorten doen, maar ze leggen hun eieren op schaduwrijke plekken.
Toch gaat het niet altijd goed met de pinguïn op de Galapagos. Tijdens de el Nino van 1997/1998 is de populatie met 65% afgenomen. Op dit moment begint hun aantal weer te groeien, maar ze behoren nog steeds tot de bedreigde dieren van de Galapagos. Een nieuw el Nino jaar zou de populatie zo weer kunnen doen afnemen. De Galapagos heeft ongeveer iedere 7 jaar te kampen met el Nino. Dan stijgt de temperatuur van het oceaanwater tot boven de 30C. De vissen trekken zich terug in dieper water om verkoeling te zoeken en dat betekent dat de zeevogels, de zeeleeuwen en de pinguïns geen voedsel kunnen vinden en daarmee en masse sterven. Omdat ook de samenstelling van het zeewier verandert – het voedsel van de zeeleguanen – gaat ook het aantal leguanen achteruit.
Het is een genot om pinguïns tegen te komen, als je aan het snorkelen bent. Ze zijn niet erg schuw en je kunt ze vis zien jagen. Alleen als je een wetsuit aan hebt, blijven ze uit je buurt, want je zou wel eens een zeeleeuw kunnen zijn, hun natuurlijke vijand, hoewel ze op het land ook ten prooi vallen aan wilde katten, honden en ratten. Maar een el nino jaar is voor de soort desastreus. El nino is pas echt een grote vijand voor de pinguïn.