Voor de voortplanting begint heeft de beekprik eerst zo'n zeven jaar als blinde larve in de bodem van de beek doorgebracht. Hierna gaan de prikken op zoek naar plekken waar grind of stenen op de bodem van de beek liggen. De visjes, niet groter dan tien centimeter, verslepen hier steentjes met hun zuigmond om nestkuiltjes voor de eieren te creëren. In een innige omstrengeling waarbij het mannetje zich om het vrouwtje heen draait worden vervolgens de eitjes afgezet en bevrucht.